海洋工学部(东京商船大学)的前身——私立三菱商船学校成立于1875年(明治8年)11月、1925年改组为东京高等商船学校。海洋科学部(东京水产大学)的前身——大日本水产会水产传习所设立于1888年(明治21年)。两学部均拥有120年以上的历史。最初商船学校定校舍于以成妙丸号商船之上、水产传习所定校舍于越中岛、后商船学校也移设越中岛。

学部学科

海洋科学部(品川校区：东京都港区港南4-5-7)：海洋环境学科、海洋生物资源学、海洋食品科学学科、海洋政策文化学科

海洋工学部(越中岛校区：东京都江东区越中岛2-1-6)：

海事系统工学科 - 船舶运行技术和信息技术，关于海事的所有技术的研究。

海洋电子机械工学科 - 内外航路的设置运用，维护管理的船舶机械师，大型机械品牌的运用・维护管理，海洋能源系统,机器人,电子制御机器的尖端要素・材料的设计・开发等。

流通情报工学科 – 从工学的角度研究在流通中物资流动及其信息。

东京海洋大学拥有研究设施、先端科学技术研究中心、社会连携推进共同研究中心、水圈科学场教育研究中心、情报处理中心、图书馆、附属图书馆、越中岛分馆、资料馆、海洋科学部附属水产资料馆、海洋工学部附属百周年纪念资料馆